In einem vom Fuldaer Mönch Eberhard in der zweiten Hälfte des 12. Jahrhunderts zusammengestellten Verzeichnis der Besitzungen des Klosters (Codex Eberhardi) taucht der Ortsname Bettingen erstmals auf. Die Forschung vermutet einen Entstehungszeitraum zwischen 780 bis 802 für die Urkunde, deren Original nicht erhalten ist.
Beddingen spielte im Mittelalter und der frühen Neuzeit eine wichtige Rolle als Gerichtssitz im Amt Wolfenbüttel, der zuständig für knapp 20 umliegende Dörfer war. Auf den mehrfach im Jahr in Beddingen stattfindenden Gerichtstagen wurden Vergehen gegen den Flurzwang, Verstöße gegen die Feuerverordnungen, Diebstähle, aber auch zivilrechtliche Angelegenheiten wie Ehe- und Kaufverträge verhandelt.
Die Aufzeichnungen in den Erbregistern des 16. Jahrhunderts geben eine erste Vorstellung davon, wie Beddingen damals strukturiert gewesen ist. Mit vier Ackerhöfen, drei Halbspännerhöfen und 52 Kothöfen gehörte Beddingen zu den größeren Dörfern im Residenzamt Wolfenbüttel.
Da überregionale Verbindungsstraßen und Eisenbahnlinien Ende des 19. Jahrhunderts etliche Kilometer entfernt von Beddingen verliefen, blieb das Dorf auch über das Zeitalter der Industrialisierung hinaus zunächst noch landwirtschaftlich geprägt.
Die Struktur des Dorfes änderte sich nach der Gründung der Reichswerke Hermann Göring im Jahr 1937 mit dem Bau des ungefähr 15 Kilometer langen Stichkanals und des Hafens tiefgreifend. Landwirte wurden umgesiedelt, die einst direkte Verbindung zu den benachbarten Gemeinden Üfingen, Sauingen und Bleckenstedt war durch den Kanal durchtrennt.
Dennoch stieg die Zahl der Einwohnerinnen und Einwohner seit 1938 stetig an und erreichte durch die Aufnahme von Flüchtlingen und Vertriebenen im Jahr 1951 mit 1.340 Menschen ihren Höhepunkt. Nachdem noch in den 1950er Jahren lediglich ein Fährbetrieb über den Kanal existierte, verbesserte der Bau der Fußgängerbrücke 1964 die infrastrukturelle Anbindung Beddingens. Im Jahr 1972 wurde mit dem Bau der Industriestraße Nord schließlich auch eine Brücke für den Autoverkehr über den Kanal errichtet.
Heute steht der Stadtteil Beddingen überregional vor allem für den Sitz einer der größten Binnenhäfen Niedersachsens. Hier werden jährlich über 1,5 Millionen Tonnen Güter umgeschlagen, moderne Hafenumschlagsanlagen zeichnen den Standort aus. In dem zur Ortschaft Nordost gehörenden Kanaldorf sind größere und kleinere Gewerbebetriebe angesiedelt und noch zwei Landwirte tätig.