Erste Siedlungsspuren stammen bereits aus der Zeit um Christi Geburt: Nur wenig westlich der heutigen Ortslage, am Rande des Bachlaufes Holzriede, wurde in mehreren Ausgrabungskampagnen in den 1950er Jahren eine Siedlung aus der Römischen Kaiserzeit ausgegraben und ein Rennofen geborgen, der belegt, dass schon im dritten Jahrhundert nach Christus in der Region Eisenerz verarbeitet wurde.
Lobmachtersen gehörte zunächst zum Amt Lichtenberg, das im 15. Jahrhundert mit insgesamt 27 Dörfern zu den größten Ämtern des Fürstentums Braunschweig-Wolfenbüttel zählte. Im Jahr 1542 wurde Lobmachtersen mit den Nachbarorten Calbecht und Leinde dem Amt Gebhardshagen zugeordnet. Aus dieser Zeit stammen erste Informationen über die Bewohner des Dorfes. Im Erbregister des Amtes Gebhardshagen aus dem Jahr 1548 werden die Besitzer der sechs Ackerhöfe, zwei Halbspännerhöfe und 33 Kothöfe erstmals namentlich genannt.
Mitte des 19. Jahrhunderts veränderte die Industrialisierung das Ortsbild von Lobmachtersen. Bereits 1849 wurde eine Ziegelei errichtet, die die Tonvorkommen am Westrand des Ortes ausbeutete, 1870 folgte eine weitere Ziegelei, die bis ins 20. Jahrhundert hinein betrieben wurde. Lobmachtersen ist außerdem der einzige Stadtteil Salzgitters, der einen Wasserturm sein eigen nennen kann: 1928 wurde ein Wasserwerk mit Turm und Ringleitungsnetz gebaut, das bis 1982 in Betrieb war. Heute ist der knapp 30 Meter hohe Wasserturm ein Wahrzeichen des gut 800 Einwohnerinnen und Einwohner zählenden Stadtteils, um dessen Erhalt sich ein Förderverein kümmert.
Der Aufbau der Reichswerke Hermann Göring hatte zunächst kaum direkte Auswirkungen auf Lobmachtersen, das am 1. April 1942 in die neu gebildete Stadt Watenstedt-Salzgitter eingemeindet wurde. Die Nachkriegszeit war auch in Lobmachtersen geprägt von der Schwierigkeit, Flüchtlinge und Vertriebene in großer Zahl unterbringen zu müssen: die Bevölkerung verdoppelte sich fast, die Ernährungssituation war schwierig, an den Ortsrändern wurden kleine Parzellen zum Anbau von Gemüse und Kartoffeln angelegt.
Das gesellige Leben im Stadtteil wird heute geprägt durch unterschiedliche Vereine und Gruppen. Neben dem Förderverein für den Wasserturm spielen die Freiwillige Feuerwehr, der Gesangsverein Machterscher Kontrapunkt und die Kyffhäuser eine wichtige Rolle.
