W przypadku wystąpienia z wspólnoty wyznaniowej pobierającej podatek, zgodnie z przepisami krajów związkowych dotyczącymi podatku kościelnego, znika obowiązek płacenia podatku kościelnego jako dodatku do podatku dochodowego lub podatku od wynagrodzeń (podatek kościelny od wynagrodzeń). W związku z tym pracodawca nie musi już przy każdej wypłacie wynagrodzenia potrącać z wynagrodzenia pracownika, oprócz podatku od wynagrodzenia, również podatku kościelnego i odprowadzać go do urzędu skarbowego. Procedura zniesienia potrącania podatku kościelnego od wynagrodzenia przebiega w dużej mierze automatycznie. Zatem po zgłoszeniu wystąpienia z wspólnoty religijnej zazwyczaj nie muszą Państwo podejmować żadnych dodatkowych działań, aby zwolnić się z obowiązku płacenia podatku kościelnego.

Sposób i miejsce zgłoszenia wystąpienia z Kościoła są regulowane różnie w zależności od prawa krajowego. Przynależność do Kościoła jest rejestrowana przez urzędy meldunkowe krajów związkowych i może być zmieniona wyłącznie przez te urzędy. Organy podatkowe nie mają na to żadnego wpływu. Ma to znaczenie na przykład w przypadku, gdy w rejestrach urzędowych znajdują się błędne dane.

Organy ewidencji ludności przekazują Federalnemu Centralnemu Urzędowi Podatkowemu (BZSt) informacje o zmianach przynależności do Kościoła oraz o odpowiedniej dacie. BZSt przechowuje elektroniczne dane dotyczące potrącania podatku od wynagrodzeń (ELStAM) w bazie danych. Wśród zapisanych danych znajdują się również informacje dotyczące potrącania podatku kościelnego.

BZSt udostępnia ELStAM pracodawcy do bezpłatnego, zautomatyzowanego pobierania. Dane ELStAM mają decydujące znaczenie dla potrącania podatku kościelnego przez pracodawcę w ramach procedury potrącania podatku, co oznacza, że pracodawca jest nimi związany i nie musi sprawdzać kwestii obowiązku płacenia podatku kościelnego.