W przypadku przystąpienia lub ponownego przystąpienia do wspólnoty wyznaniowej pobierającej podatek, zgodnie z przepisami krajów związkowych dotyczącymi podatku kościelnego, należy uiścić podatek kościelny w formie dodatku do podatku dochodowego lub podatku od wynagrodzeń (podatek kościelny od wynagrodzeń). W związku z tym pracodawca musi przy każdej wypłacie wynagrodzenia potrącać z wynagrodzenia pracownika nie tylko podatek od wynagrodzenia, ale również regularnie podatek kościelny i odprowadzać je do urzędu skarbowego. Odpowiednia procedura potrącania kościelnego podatku od wynagrodzenia przebiega w dużej mierze automatycznie. Zatem po zgłoszeniu przystąpienia do wspólnoty wyznaniowej zazwyczaj nie muszą Państwo podejmować żadnych dalszych działań, aby wywiązać się ze swoich obowiązków w zakresie podatku kościelnego.

Sposób i miejsce zgłoszenia przystąpienia do Kościoła regulują same wspólnoty wyznaniowe. Przynależność do Kościoła jest rejestrowana w urzędach meldunkowych krajów związkowych i może być zmieniona wyłącznie przez te organy. Organy podatkowe nie mają na to żadnego wpływu. Ma to znaczenie na przykład w przypadku, gdy w rejestrach urzędowych znajdują się błędne dane.

Organy ewidencyjne przekazują Federalnemu Centralnemu Urzędowi Podatkowemu (BZSt) informacje o zmianach przynależności do kościoła oraz odpowiednią datę. BZSt przechowuje elektroniczne dane dotyczące potrącania podatku od wynagrodzeń (ELStAM) w bazie danych. Do przechowywanych danych należą również informacje dotyczące potrącania podatku kościelnego.

BZSt udostępnia ELStAM pracodawcy do bezpłatnego, zautomatyzowanego pobierania. Dane ELStAM mają decydujące znaczenie dla potrącania podatku kościelnego przez pracodawcę w ramach procedury potrącania podatku, co oznacza, że pracodawca jest nimi związany i nie musi sprawdzać kwestii obowiązku podatkowego w zakresie podatku kościelnego.