З точки зору охорони природи важливо, що загрозливе поширення геркулесу багаторічного становить загрозу для інших дикорослих видів рослин. Через його надзвичайно сильну конкурентну силу, а іноді й масове вторгнення, існуючі популяції рослин витісняються і повністю змінюються. За короткий час багаторічник заростає всі нижчі види і формує вражаючі домінантні деревостани, що викликає велике занепокоєння, особливо на територіях з рідкісними і вже зникаючими видами та біоценозами. Додаткові проблеми виникають також на берегах водотоків, де спостерігається посилення ерозії та витіснення типових місцевих прибережних чагарників і високих трав'янистих рослин. І навіть сільське господарство страждає, коли кущі геркулесу вторгаються на поля, луки та пасовища, що в деяких випадках вже призводить до втрат врожаю.