В гербе города даже есть два соляных крюка, которые можно отнести к этому происхождению. Сегодня о богатом рассоле свидетельствуют термальная соляная ванна в Зальцгиттер-Баде и выпускной павильон в розарии.
Зальцгиттер был основан в начале XIV века вокруг рассольных источников в районе объединенной впоследствии деревни Верпштедт. Свое название поселение получило от соседней деревни и нынешнего района Гиттер (впервые упоминается в 1347 году как "вверх по реке к Гитере"). После 200 лет добычи соли на различных солеварнях крестьяне, проживающие на территории нынешнего Зальцгиттера, получили городскую грамоту около 1350 года, но город потерял эти права, когда в начале XVI века он был передан герцогству Брауншвейгскому.
Позже Зальцгиттер принадлежал к епархии Хильдесхайма. Когда в 1803 году город перешел к Пруссии, права города были подтверждены, но отменены в 1815 году, когда Зальцгиттер был включен в состав Ганноверского королевства. В 1830 году в Зальцгиттере была основана рассольная купальня. После перехода Ганноверского королевства в состав Пруссии (провинция Ганновер) в 1866 году Зальцгиттер стал прусским муниципалитетом, которому в 1929 году вновь были предоставлены городские права. До этого в состав города были включены Ворзальц (1926) и Либенхалль (1928). Город относился к округу Гослар и, помимо центра Зальцгиттера, включал в себя несколько небольших поселений, которые сегодня уже не поддаются определению, например, Гиттертор. Кништедт был присоединен к городу в 1936 году.
Из-за чрезвычайно крупных месторождений железной руды в Зальцгиттере, которые впервые упоминались еще в 1310 году, в 1937 году национал-социалисты основали Рейхсверке-АГ ("Герман-Геринг-Верке") для добычи руды и производства железа. В 1938 году в состав предприятия была включена соседняя коммуна Гиттер. Для успешного экономического развития предприятия требовалась стандартная административная структура для всей территории. Поэтому в соответствии с постановлением 1941 года о территориальных изменениях в районе завода "Герман-Геринг-Верке Зальцгиттер" с 1 апреля 1942 года был образован единый городской округ (самостоятельный город).
К этому были приурочены город Зальцгиттер и его землячества Бейнум, Флахстекхайм, Гросс-Маннер, Хоэнроде, Олендорф и Рингельхайм (всего 7 землячеств), а также землячества Барум, Беддинген, Блекенштедт, Кальбехт, Дрютте, Энгельнштедт, Халлендорф, Иммендорф, Лебенштедт и другие, Bruchmachtersen, Calbecht, Drütte, Engelnstedt, Engerode, Gebhardshagen, Hallendorf, Heerte, Immendorf, Lebenstedt, Lesse, Lichtenberg, Lobmachtersen, Osterlinde, Reppner, Salder, Thiede-Steterburg (сегодня только Thiede) и Watenstedt (всего 21 муниципалитет) были объединены в городской округ Watenstedt-Salzgitter. Новая независимая коммуна была включена в состав земли Брауншвейг вместе с остальной частью округа Гослар. Взамен Брауншвейгская земля уступила прусской провинции Ганновер район Хольцминден.
Вместе с деревней Гиттер, которая уже в 1938 году была включена в состав Зальцгиттера, молодой город с 1942 года состоял из 29 районов. Во время Второй мировой войны Зальцгиттер был сильно разрушен в результате многочисленных американских и британских бомбардировок. После Второй мировой войны земля Брауншвейг вошла в состав земли Нижняя Саксония, а Ватенштедт-Зальцгиттер стал городским округом в составе "административного района Брауншвейг" (позднее - административного округа Брауншвейг). В 1951 году город был переименован в Зальцгиттер, а бывший район Зальцгиттер получил суффикс "Бад" ("Зальцгиттер-Бад") из-за расположенных здесь рапных ванн. В рамках территориальной реформы Нижней Саксонии 1 марта 1974 года были присоединены муниципалитеты Юфинген и Зауинген (район Вольфенбюттель). С тех пор городская территория Зальцгиттера состоит из 31 района.