На гербі міста є навіть два соляні гаки, що свідчить про це походження. Сьогодні Thermalsolbad в Зальцгіттер-Баді та випускний павільйон у розарії є ознакою багатих соляних джерел.
Зальцгіттер був заснований на початку 14 століття навколо соляних джерел в районі пізніше об'єднаного села Верпштедт. Свою назву поселення отримало від сусіднього села і нинішнього району Гіттер (вперше згадується у 1347 році як "up dem solte to Gytere"). Після 200 років видобутку солі на різних солеварнях селяни на території сучасного Зальцгіттера отримали міську хартію близько 1350 року, але місто втратило ці права, коли на початку 16 століття перейшло до герцогства Брауншвейг.
Пізніше Зальцгіттер належав до єпархії Гільдесгайму. Коли місто перейшло до Пруссії у 1803 році, права міста були знову підтверджені, але були скасовані у 1815 році, коли Зальцгіттер був включений до складу Королівства Ганновер. У 1830 році в Зальцґіттері заснували соляну купальню. З переходом Ганноверського королівства до Пруссії (провінція Ганновер) у 1866 році Зальцгіттер став прусським муніципалітетом, який знову отримав права міста у 1929 році. Раніше до нього були приєднані Ворзальц (1926) та Лібенхалль (1928). Місто належало до округу Гослар і, окрім центру Зальцгіттера, включало також деякі невеликі поселення, які сьогодні вже не існують, наприклад, Гіттертор. Кніштедт був заснований у 1936 році.
Через надзвичайно великі поклади залізної руди в Зальцґіттері, які вперше згадуються ще в 1310 році, націонал-соціалісти заснували в 1937 році "Reichswerke-AG" ("Hermann-Göring-Werke") для видобутку руди та металургійних заводів. У 1938 році до нього приєдналася сусідня громада Гіттер. Для того, щоб завод міг добре розвиватися економічно, потрібна була стандартизована адміністративна структура для всієї території. Тому, відповідно до постанови 1941 року про територіальні зміни в районі заводу "Герман-Герінг-Верке Зальцгіттер", з 1 квітня 1942 року було утворено єдиний міський округ (самостійне місто).
Zu diesem Zweck wurde die Stadt Salzgitter und die ebenfalls zum Landkreis Goslar gehörigen Gemeinden Beinum, Flachstöckheim, Groß-Mahner, Hohenrode, Ohlendorf und Ringelheim (insgesamt 7 Gemeinden) sowie die zum braunschweigischen Landkreis Wolfenbüttel gehörigen Gemeinden Barum, Beddingen, Bleckenstedt, Брухмахтерсен, Кальбехт, Друтте, Енгельнштедт, Енгероде, Гебхардшаген, Галлендорф, Герте, Іммендорф, Лебенштедт, Лессе, Ліхтенберг, Лобмахтерсен, Остерлінде, Реппнер, Зальдер, Тіде-Штербург (сьогодні лише Тіде) та Ватенштедт (загалом 21 муніципалітет) були об'єднані в міський округ Ватенштедт-Зальцгіттер. Новий незалежний муніципалітет був включений до складу землі Брауншвейг разом з рештою району Гослар. Натомість земля Брауншвейг передала район Гольцмінден прусській провінції Ганновер.
Разом із селом Гіттер, яке було приєднане до Зальцгіттера у 1938 році, молоде місто з 1942 року мало 29 районів. Під час Другої світової війни Зальцгіттер був сильно зруйнований численними американськими та британськими бомбардуваннями. Після Другої світової війни земля Брауншвейг стала частиною землі Нижня Саксонія, а Ватенштедт-Зальцгіттер - міським районом у межах нинішнього "адміністративного округу Брауншвейг" (пізніше - адміністративний район Брауншвейг). У 1951 році місто було перейменоване на Зальцгіттер, а колишній район Зальцгіттер отримав суфікс "Бад" ("Зальцгіттер-Бад") через розташовані там соляні ванни. У рамках територіальної реформи Нижньої Саксонії 1 березня 1974 року відбулося об'єднання муніципалітетів Уфінген і Зауінген (район Вольфенбюттель). Відтоді міська агломерація Зальцґіттера складається з 31 району.