Die Lage an einem Pass über den Salzgitterschen Höhenzug dürfte ausschlaggebend für die Errichtung einer Burg gewesen sein, die Ende des 12. Jahrhunderts erstmals erwähnt wurde.

Während aus dem 13. Jahrhundert mit indago/indagine nur die lateinische Bezeichnung für Hagen überliefert ist, findet sich seit dem 14. Jahrhundert die deutsche Schreibweise in den Urkunden, der später der Vorname Gebhard vorangestellt wurde. Gebhard war ein häufig vorkommender Name im Adelsgeschlecht derer von Bortfeld, die zwischen 1293 und 1354 die Burg als Stammsitz nutzten. 

Durch die Zuwanderung von Bauern aus den in unmittelbarer Nachbarschaft gelegenen, später wüst gefallenen Orten Weddem und Kirchheerte, gewann Gebhardshagen an Bedeutung und wurde Mitte des 16. Jahrhunderts zum Sitz des gleichnamigen Amtes.

1848 war die Einwohnerzahl in Gebhardshagen mit 1012 Personen erstmals vierstellig. Die Arbeit in Steinbrüchen im Hardewegsforst zog auswärtige Arbeitskräfte an. Mit dem Rückgang des Flachsanbaus ging jedoch auch eine Erwerbsquelle verloren – die Spinnerei, die häufig in Heimarbeit ausgeübt wurde, war stark rückläufig.

Auf den offiziellen Auswandererlisten des ehemaligen Herzogtums Braunschweig finden sich nicht weniger als 53 Personen, die zwischen 1846 und 1871 nach Amerika ausgewandert sind.

Die Gründung der Reichswerke Hermann Göring am 15. Juli 1937 brachte für Gebhardshagen einschneidende Veränderungen. Nur wenige Kilometer nordwestlich von Gebhardshagen wurde der Erzbergbau mit den Schächten Haverlahwiese, Altenhagen, Gustedt und Bartelszeche massiv ausgebaut. Für den Bau und den Betrieb der Industrieanlagen wurden Arbeitskräfte zunächst angeworben, später zunehmend zwangsverpflichtet. Für deren Unterbringungen wurden auch in Gebhardshagen mehrere Barackenlager errichtet und mit dem Bau neuer Siedlungen begonnen.

Die Nachkriegszeit war zunächst auch in Gebhardshagen geprägt von Mangel und Wohnungsnot. Ab Mitte der 1950er Jahre entspannte sich die Situation allmählich, neue Wohngebiete entstanden, eine weitere Kirche und eine neue Schule konnten gebaut werden. Der Rückgang der Beschäftigtenzahlen im Erzbergbau ab Ende der 1960er Jahre bedeutete eine erneute Zäsur. Am 30. Juni 1982 verließ der letzte Förderwagen die Grube Haverlahwiese – der Erzbergbau war Geschichte.

Der mit knapp 7.000 Einwohnerinnen und Einwohnern viertgrößte Stadtteil Salzgitters liegt zentral in der Mitte des 223,93 Quadratkilometer großen Stadtgebiets. 

Die Burg zählt bis heute zu den Besonderheiten des Stadtteils, die unter anderem für kulturelle Veranstaltungen genutzt wird. Das Trauzimmer im Herrenhaus und der angrenzende Ritterburgspielplatz sind besonders beliebt.

Der Förderverein Wasserburg Gebhardshagen e.V. und seine Mitglieder engagieren sich für das historische Denkmal.

Darüber hinaus gibt es verschiedene Gruppen und Vereine wie beispielsweise der SV Glück Auf 1901 Gebhardshagen, der Tennisclub Gebhardshagen, die DLRG Ortsgruppe sowie die Freiwillige Feuerwehr.